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Dermatologie
Écosystème bactérien cutané Prélèvements bactériologiques en dermatologie
Cours de dermatologie
 

 

Rôle de barrière de la peau :

La peau est indispensable dans la défense contre les infections.

Elle joue un rôle de barrière mécanique, chimique et bactérienne.

La cohésion des cellules de la couche cornée et le renouvellement rapide des kératinocytes limitent la colonisation bactérienne.

Si certaines infections à Staphylococcus (S.) aureus peuvent survenir sur une peau saine, Leyden a montré qu’une rupture de la couche cornée était nécessaire pour induire une infection à streptocoque.

Des facteurs chimiques comme le degré de sécheresse de la peau ou l’acidité du pH cutané empêchent la colonisation par certains germes.

La présence de substances antibactériennes dans les sécrétions sébacées joue un rôle important.

La production, à partir des triglycérides du sébum, d’acides gras libres (acide oléique, acide palmitique ou acide stéarique) par les bactéries de la flore cutanée assure une protection efficace.

En effet, certains acides gras libres ont un effet antibactérien sur le staphylocoque doré et les streptocoques et limitent la colonisation cutanée.

Enfin, la peau possède un système immunitaire humoral et cellulaire qui peut influencer la composition de la flore cutanée.

La sécrétion d’immunoglobulines (Ig) A et G dans la sueur prévient certaines infections.

Les cellules T présentes dans la peau sont aussi des moyens de défense locaux contre les infections.

Flore cutanée bactérienne :

La peau normale est colonisée par de nombreux germes commensaux présents dans les couches épithéliales superficielles. Comparativement à d’autres organes, comme le tube digestif, le nombre d’espèces bactériennes est limité.

La flore cutanée normale est un des principaux moyens de résistance aux infections.

Plusieurs mécanismes sont responsables de cette résistance.

La production d’antibiotiques ou de bactériocines par certaines bactéries de la flore joue un rôle dans la résistance aux infections en régulant la colonisation cutanée.

Selwyn a montré que, chez des malades porteurs de lésions cutanées (eczéma et ulcères variqueux), le nombre de bactéries productrices d’antibiotiques augmente dans la flore cutanée résidente.

Cette augmentation entraîne une diminution du nombre d’infections cutanées secondaires, à l’exception des infections à bacilles à Gram négatif, les antibiotiques produits par la flore cutanée normale n’étant pas actifs sur ces germes.

Singh et al ont montré que l’éradication de la flore cutanée normale favorisait la survie du S. aureus sur la peau et le développement d’infections cutanées suggérant que la flore normale a un rôle de défense contre les infections.

Enfin, on note une plus grande fréquence des infections à S aureus chez le nouveau-né.

À la naissance, le nouveau-né est stérile ou porteur de la flore de la filière génitale maternelle, composée majoritairement de S. epidermidis.

Tant qu’il n’a pas encore acquis une flore cutanée résidente protectrice, il reste vulnérable aux infections, et la colonisation des gîtes (nez, ombilic) par S. aureus est rapide, favorisée par l’absence de flore saprophyte.

Cela suggère fortement un rôle protecteur des staphylocoques résidents.

La flore cutanée est classée en deux groupes : la flore permanente composée de germes dont le nombre et la composition sont stables dans le temps et la flore transitoire provenant de l’environnement extérieur mais pouvant persister quelques temps sur la peau.

A - COMPOSITION DE LA FLORE PERMANENTE :

Les germes aérobies (staphylocoques, corynébactéries) sont retrouvés dans la couche cornée, tandis que les anaérobies sont dans les invaginations infundibulopilaires.

1- Staphylocoques et microcoques :

Les staphylocoques sont divisés en deux groupes : les espèces à coagulase négative dont S. epidermidis est le chef de file et les espèces à coagulase positive représentées par S. aureus. S. epidermidis est le principal germe aérobie de la flore cutanée (fréquence du portage chez l’adulte sain supérieure à 50 %), mais d’autres espèces de staphylocoques à coagulase négative sont retrouvées : S. hominis, S. warneri, S. simulans, S. saprophyticus (souvent retrouvé sur le périnée), S. capitis, S. xylosus, S. haemolyticus et S. cohnii.

Le rôle pathogène des staphylocoques à coagulase négative a été clairement démontré dans certaines situations : les infections sur prothèse ou sur cathéter central, les infections sur valves cardiaques artificielles et les infections de l’appareil urinaire.

La capacité de certains staphylocoques à produire des adhésines, permettant leur adhésion aux cathéters et aux surfaces métalliques est un facteur important de pathogénicité chez ces germes normalement non pathogènes.

L’homme a une résistance naturelle à la colonisation cutanée par S. aureus, et il s’agit surtout d’un portage transitoire bien que l’on retrouve, chez 20 à 40 % des individus, un portage nasal ou périnéal chronique. La distinction entre colonisation et infection est parfois difficile à faire sur la peau pathologique. S. aureus a été retrouvé en plus grande quantité chez des malades suivis pour dermatite atopique ou psoriasis, mais il s’agit le plus souvent d’une colonisation, favorisée par l’inflammation, plus que de véritables surinfections, et la pathogénicité du germe est difficile à prouver.

Moins fréquents, les Micrococcaceae sont aussi retrouvés et deux espèces prédominent : Micrococcus (M.) luteus et M. varians. M. luteus est exceptionnellement responsable de pneumopathies, d’arthrites septiques et de méningites.

Les autres microcoques sont rarement responsables d’infections.

2- Corynébactéries :

Bactéries à Gram positif aéroanaérobies facultatives, elles colonisent surtout les régions des plis.

L’espèce la plus fréquente est Corynebacterium (C.) minutissimum, retrouvée surtout dans les zones humides (plis axillaires, inguinaux et espaces interorteils), mais C. xerosis, C. striatum et C. tenuis sont aussi commensales de la peau.

Ces germes jouent un rôle important dans l’équilibre de la flore cutanée.

Un changement des conditions physiques ou chimiques (transpiration excessive, hygiène défectueuse) perturbe l’équilibre de la flore et entraîne une augmentation des corynébactéries, responsables de l’érythrasma, de la trichomycose axillaire ou de la kératolyse plantaire ponctuée.

C. jeikum et C. urealyticum sont des espèces lipophiles qui colonisent les plis et sont retrouvées surtout chez les immunodéprimés.

Mais 12 % des individus sains et près de 35 % des malades hospitalisés sont colonisés. Brevibacterium epidermidis, apparenté aux corynébactéries colonise les plis interdigitoplantaires.

Son développement est favorisé par les infections à dermatophytes.

3- Propionibacterium :

Bactérie à Gram positif anaérobie, Propionibacterium (P.) acnes est le principal germe qui colonise les glandes sébacées et les follicules pileux. Il est retrouvé chez 100 % des adultes sur le dos, le front et le cuir chevelu.

La densité de P. acnes sur la peau est maximale au moment de la puberté, du fait d’une sécrétion sébacée accrue.

De nombreux arguments tendent à prouver sa pathogénicité dans l’acné inflammatoire : il est retrouvé en plus grande quantité chez les adolescents ayant une acné inflammatoire, les traitements topiques ou systémiques supprimant le germe entraînent une amélioration clinique de l’acné et sa responsabilité dans l’activation des macrophages et du complément par la voie classique a été démontrée.

D’autres espèces sont aussi retrouvées comme P. granulosum et P. avidum.

4- Bactéries à Gram négatif :

Elles sont retrouvées de façon inconstante car leur développement exige beaucoup d’humidité, et font donc surtout partie de la flore transitoire.

Ce sont surtout Acinetobacter (A.) johnsonii et A. lwoffi qui proviennent de souches digestives, et sont isolés plus souvent en été du fait d’une augmentation de la transpiration.

Le portage cutané en milieu hospitalier est fréquent.

Les Acinetobacter peuvent être responsables de nombreuses infections (endocardite, infections pulmonaires ou de l’appareil urinaire, méningites...) surtout chez les malades immunodéprimés.

Les folliculites à germes à Gram négatif sont le plus souvent dues à Escherichia (E.) coli et à différentes espèces de klebsielles.

Il s’agit surtout de surinfections de lésions d’acné chez des malades recevant des traitements antibiotiques par voie orale au long cours ayant entraîné un déséquilibre de la flore.

Enfin, les infections à Gram négatif des espaces interorteils sont dues aux espèces Proteus et Pseudomonas et sont favorisées par la macération.

5- Autres :

La flore cutanée permanente comporte aussi des levures. Malassezia (M.) furfur, sous sa forme blastospore, colonise surtout les zones séborrhéiques, car sa croissance nécessite des lipides (surtout de l’acide oléique).

Dans certaines circonstances (humidité, application d’huile, immunodépression...)

M. furfur, autrefois dénommé Pityrosporum ovale ou Pityrosporum orbiculare, peut devenir pathogène.

Il se trouve alors sur la peau dans sa forme mycélienne et sporulée, et c’est l’agent responsable du pityriasis versicolor.

Chez les malades diabétiques, immunodéprimés ou recevant des traitements antibiotiques ou des corticostéroïdes, des folliculites pityrosporiques sont observées.

Sa responsabilité dans la dermite séborrhéique est discutée.

M. furfur est aussi responsable de septicémies chez les prématurés recevant une alimentation parentérale lipidique par cathéter central.

De nombreuses espèces de Candida, saprophytes des muqueuses, peuvent coloniser la peau, surtout lorsqu’elle est lésée ou qu’il existe une pathologie sous-jacente.

Candida albicans est l’espèce le plus souvent retrouvée.

On a montré une augmentation de la colonisation de la peau par Candida chez des malades diabétiques, immunodéprimés ou porteurs de maladies cutanées comme la dermatite atopique ou le psoriasis.

B - COMPOSITION DE LA FLORE CUTANÉE TRANSITOIRE :

N’importe quel organisme présent dans l’environnement ou provenant des flores digestives, vaginales ou buccales, peut être retrouvé à un moment donné sur la peau.

Les principales espèces sont les streptocoques alpha- et bêta-hémolytiques, plus fréquents chez l’enfant, S. aureus et certains bacilles à Gram négatif.

Les streptocoques du groupe A ne font pas partie de la flore cutanée permanente.

Leur présence sur la peau est le plus souvent un facteur prédisposant à une infection cutanée streptococcique.

Ferrieri a montré que la colonisation de la peau normale précède le développement de lésions cutanées infectieuses dans la grande majorité des cas. S. pyogenes, saprophyte du nasopharynx chez 10 % de la population, est rarement retrouvé sur la peau (0,5 à 1 % des individus), probablement à cause de l’effet inhibiteur d’acides gras insaturés.

L’isolement d’un streptocoque sur un prélèvement cutané doit être pris en considération et sa responsabilité dans la survenue d’une infection cutanée doit être systématiquement discutée.

Les streptocoques du groupe B colonisent les muqueuses (anus, rectum, vagin), mais leur présence sur la peau normale n’a pas été étudiée.

Ils sont responsables d’infections néonatales graves et, chez certains diabétiques ou chez les grands brûlés, de surinfections secondaires.

C - FACTEURS MODIFIANT LA FLORE CUTANÉE NORMALE :

De nombreux facteurs modifient la composition et la densité de la flore cutanée.

L’âge et le sexe influencent la composition de la flore bactérienne.

Ainsi, chez l’enfant, les microcoques, les corynébactéries et les bactéries à Gram négatif sont retrouvés plus souvent et en plus grand nombre que chez l’adulte.

À la naissance, le nouveau-né porte la flore de la filière génitale maternelle, essentiellement composée de S. epidermidis.

L’absence de flore cutanée favorise la colonisation par S. aureus et le risque d’infection à staphylocoque est accru.

La flore bactérienne varie aussi selon la région du corps : dans les zones séborrhéiques et les plis, la densité bactérienne est plus élevée que sur la peau sèche.

Certains traitements modifient la flore cutanée.

Les antibiotiques, utilisés par voie générale ou en application locale réduisent la flore saprophyte et augmentent la colonisation par des germes à Gram négatif résistants et par C. albicans.

Ils favorisent aussi l’apparition de germes résistants dans la composition de la flore.

Les oestroprogestatifs augmentent la colonisation par les levures.

La corticothérapie per os entraîne un changement de la flore cutanée et favorise le développement de germes de la flore transitoire aux dépens de la flore permanente.

Les traitements oraux par rétinoïdes modifient aussi la flore, en diminuant la sécrétion sébacée et en entraînant un dessèchement cutané peu favorable à la croissance des germes.

D’autres facteurs peuvent modifier la flore cutanée comme l’influence du climat, de la profession (travail en atmosphère humide), l’utilisation de savons (rendant le pH cutané plus alcalin) et d’antiseptiques ou encore certaines pathologies comme le diabète, l’immunodépression ou la dialyse chronique qui favoriseraient le portage de S. aureus.

Prélèvements bactériologiques :

Différentes méthodes sont utilisées pour réaliser des prélèvements bactériologiques.

Le choix de la méthode dépend de la maladie dermatologique sous-jacente et des germes recherchés.

A - ÉCOUVILLONNAGE :

Il consiste à prélever en frottant sur la peau un ou plusieurs écouvillons stériles qui sont ensuite mis en culture sur différents milieux.

Sa réalisation est simple et non invasive.

Cette méthode est utilisée dans les infections cutanées superficielles, pour rechercher un portage chronique de S. aureus dans les gîtes (narines, ombilic, périnée) ou dans certaines études épidémiologiques de la flore cutanée.

Les résultats obtenus sont qualitatifs mais ne permettent pas de quantifier les germes retrouvés.

Le nombre d’organismes retrouvé dépend de la durée de l’écouvillonnage, de la pression externe exercée sur l’écouvillon et du degré d’humidité de l’écouvillon.

B - PONCTION SOUS-CUTANÉE À L’AIGUILLE :

Cette technique est utilisée dans les érysipèles ou les cellulites.

Elle est facile à réaliser, pour ponctionner un liquide de bulle ou une collection de pus.

Dans les hypodermites ou les cellulites, une injection de sérum physiologique avec aspiration est parfois nécessaire.

La ponction est réalisée sans anesthésie préalable, et la peau doit être soigneusement désinfectée avant de piquer, pour éviter toute contamination par des germes de la flore cutanée.

Dans les érysipèles, elle permet, dans 5 à 15% des cas, d’obtenir le germe responsable en culture.

Le faible rendement de cet examen suggère que le germe n’est pas présent en grande quantité dans les lésions, mais qu’il s’agit plutôt d’une réaction inflammatoire aux antigènes bactériens ou aux toxines.

En revanche, c’est un examen très utile dans les cellulites nécrosantes, car il retrouve le germe en cause dans plus de 70 % des cas, permettant d’adapter l’antibiothérapie.

C - BIOPSIE CUTANÉE :

C’est l’étude du broyat d’une biopsie profonde stérile que l’on ensemence sur différents milieux de culture en aérobiose et en anaérobiose. Elle permet une étude des germes présents dans l’hypoderme.

Cette technique est utilisée chez les grands brûlés, pour rechercher des emboles septiques cutanés et, dans certaines cellulites profondes, pour orienter l’antibiothérapie.

Elle permet aussi la recherche de mycobactéries atypiques par culture sur milieux spéciaux (Löwenstein-Jensen ou milieu Bactect) ou par amplification génique (PCR : polymerase chain reaction) et la recherche de champignons (culture sur milieux Sabouraudchloramphénicol-actidione) dans des lésions cutanées.

Seule cette méthode permet une étude des germes profonds et n’est pas utile pour des études de la flore cutanée.

D - TECHNIQUE DU CYLINDRE DE KLIGMAN ET WILLIAMSON :

Elle consiste à laver et à frotter avec une palette de caoutchouc stérilisable, une surface de peau délimitée par un cylindre de verre dans lequel se trouvent 2 mL d’un liquide de lavage approprié.

Les couches superficielles de l’épiderme sont ainsi détachées et le liquide de lavage est ensuite ensemencé immédiatement.

Après 24 heures d’incubation, les colonies présentes sur les boîtes sont dénombrées (en unités formant colonies [UFC]/cm2 de peau).

Cette technique permet une étude rapide des différentes espèces de bactéries et une quantification précise de la flore cutanée en peau saine.

Du fait de sa relative agressivité, elle n’est pas utilisable chez des patients souffrant d’une rupture de la barrière cutanée.

Elle est surtout utilisée pour les études portant sur la flore cutanée en peau saine et n’est pas utilisable dans la pratique clinique quotidienne.

Cette méthode a été comparée à la culture de biopsies cutanées.

Les résultats retrouvés sont concordants, prouvant que la technique de Kligman est très fiable pour l’étude de la flore cutanée.

E - MÉTHODE D’EMPREINTES INDIRECTES PAR LA MOQUETTE :

Une moquette stérile est appliquée sur la peau, puis six empreintes sont réalisées sur une boîte de gélose trypticase-soja pour chaque site cutané prélevé.

Après 24 à 48 heures d’incubation, une étude semi-quantitative de la flore est réalisée et les résultats sont exprimés en total de croix correspondant à un nombre de colonies.

Cette technique, utilisée pour réaliser des cartes bactériennes, est moins fiable que la précédente.

F - MÉTHODE D’EMPREINTES DIRECTES PAR COUNT-TACT :

Cette méthode consiste à appliquer directement sur la peau une boîte faite de gélose biotrycase et de neutralisants (laboratoire Bio-Mérieux), en exerçant une pression modérée.

Trois boîtes, contenant trois milieux différents sont appliquées sur une même zone, puis directement incubées à 35 °C pendant 24 à 48 heures.

Cinq régions de la peau sont prélevées à chaque fois.

La fréquence des prélèvements dépend de la maladie sous-jacente (toutes les 48 ou 72 heures dans les syndromes de Lyell), et permet de suivre les changements dans l’écologie bactérienne cutanée.

Une numération globale (en UFC/boîte) et une identification des colonies est ensuite effectuée.

Simple et rapide, c’est la technique utilisée pour réaliser des cartes bactériennes au cours des syndromes de Lyell ou des maladies bulleuses auto-immunes.

Les résultats, surtout qualitatifs, permettent d’identifier les germes présents sur la peau et d’adapter, en urgence, l’antibiothérapie si l’on suspecte une infection à point de départ cutané.

On l’utilise aussi dans les études de la flore cutanée chez les malades atopiques.

Une étude a comparé cette technique et celle du cylindre de Kligman et Williamson.

Qualitativement la méthode d’empreintes directes est plus sensible que le prélèvement avec la technique du cylindre, probablement parce que la surface en contact avec la peau est plus grande.

Dans les dermatoses étendues, la méthode d’empreintes directes paraît mieux adaptée.

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